在肯定成绩的同时，我们必须清醒地看到我县农村卫生工作中还面临着一些突出的困难和问题。
　　一是农村居民缺乏完善有效的医疗保障，农民因病致贫返贫现象比较严重。上个世纪８０年代以来，农村合作医疗制度严重滑坡，农村居民基本处于无医疗保障制度的状态。９０年代后期，政府大力倡导和推行合作医疗，但由于政府资金投入量少且没有连续性，加之缺乏集体经济的支持以及有效的管理机制，仍然不能持久。因此，由于没有合理的保障机制帮助农民分担大病经济风险，农民因大病致贫或因看不起病导致劳动力丧失而返贫的现象比较严重，据初步统计，因病致贫返贫的农户占到农村贫困户的６０％以上。
　　二是农村卫生不能完全适应农村居民的医疗服务需求。近些年来，我县农民收入水平和生活状态都有较大改善，富裕起来的农民逐步增多，但贫富差距逐步拉大也是事实。经济状况的差异必然导致对医疗卫生保健需求的差异。目前，乡村两级卫生机构的服务模式、内容和质量，往往让一些家庭经济状况较好的农民“看不中”，让一些贫困的农民“看不起”，让一些优先富裕起来的农村居民感到“不满意”。
　　三是乡镇卫生院建设严重滞后，不能满足形势发展的需要。尚未重新建设的卫生院设备简陋，人才匮乏，且结构不合理，已新建了的卫生院基础设施欠帐过多，运行十分困难。除朱王堡、红山窑卫生院外，其它卫生院都还在修建和争取修建，由于缺乏必要的投资，８０％以上的卫生院还在原来的“老三件”基础上运行。尽管近些年来各卫生院也挤出一定资金购置了一些设备，但仍不能满足需求，仅能开展一些基本的检验工作。朱王堡卫生院门诊大楼和住院大楼建筑面积５６８３平方米，但到位和自筹资金仅１９７万元，尚欠３４４万元，购置的２００多万元的医疗设备绝大部分也是拖欠运行。到２００４年底乡镇卫生院具有大专以上学历的仅占３０％，具有执业医师和执业助理医师资格的８９．５％，７０％的乡镇卫生院不具备处理顺产分娩的条件，９０％的卫生院无处理难产的能力，能实施下腹部手术只有２家卫生院，９０％的卫生院在财政补助的前提下靠以药养医而生存。
　　四是公共卫生体系建设相当薄弱，难以承担繁重的预防保健任务。不但卫生院建设严重滞后，村级卫生所室及个体医疗网点由于政府无任何投入，一般以营利为目的，重创收，轻建设，公共卫生体系建设只能是名存实亡。计免接种工作由于有一定的劳务费，村级所室还能够承担，妇女、儿童两个系统的管理由于无任何报酬，仅以享受非营利性医疗机构的政策加以约束，因此，工作做得不实、不细，有时还有弄虚作假现象，可以说公卫网底存在破烂现象。２００３年的非典防治，如果说没有各级党政的全力以赴，仅靠卫生公卫体系的力量，如果一旦有疫情发生其后果是不堪想象的。各卫生院也仅有１—２名兼职搞好公卫工作。由于其岗位不能直接产生经济效益，公卫人员在乡镇卫生院的地位明显低于其它医护人员。另外，我县每千人就有０．８５个结核病人，每１００人中就有１０—１５个携带乙肝病毒，每年其它各类传染病报告人数都在６００人以上，磺缺病仍未彻底控制，疾病预防控制的任务十分繁重。
　　三、功能及实际
　　根据中共中央国务院２００２年１０月１９日作出的《关于进一步加强农村卫生工作的决定》（以下简称《决定》中明确提出：“乡镇卫生院以公共卫生服务为主，综合提供预防、保健和基本医疗服务，受县级卫生行政部门委托承担公共卫生管理职能，一般不得向医院模式发展。村卫生所室承担卫生行政部门赋予的预防保健任务，提供常见伤病的初级诊治。”按照上述标准和原则要求，现阶段，村级卫生所室基本按照规定的功能开展工作，乡镇卫生院由于经费严重不足，重医疗轻保健成为普遍现象。朱王堡中心卫生院经市县同意升格为永昌县第二人民医院后，已成医院规模态势，其它卫生院的发展方向和国家的规定、要求相比有一定差距，为保工资稳定也实属迫不得已。尽管如此，各卫生院公卫任务基本能够完成，但承担突发性公卫事件的能力就显得严重不足。